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Int J Mol Sci | m6A甲基化修饰对糖尿病小鼠认知功能障碍的调控机制

发布时间:2024-08-02
N6-甲基腺苷(m6A)是真核生物工程学mRNA中最最重要要的转录后表达,在真核生物工程学的急病和女性生理过程中中起着至关最重要的影响。高血糖自我意识心里障碍也是种不可逆性的神经末梢神经体统末梢体统退行性急病,现如今发展方向当然切机理暂未基本阐述,还有欠缺更有效的防控和根治的方法。

2024年2月6日,北京大学医学部联合首都医科大学附属北京朝阳医院在International Journal of Molecular Sciences上发表题为“Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice”的研究文章。研究人员探讨了高脂肪饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化的相关机制。该成果中拜谱生物制品为其提供m6A甲基化讲解技術服務,为糖尿病小鼠高脂肪饮食诱导的认知功能障碍机制提供了新的线索。

经典文章名稱:Altered N6-Methyladenosine modicification patterns and transcript profiles contributes to cognitive dysfunction in high-fat induced diabetic mice(Int J Mol Sci.,IF=6.2,2024.2)

客人的单位:北京大学医学部、首都医科大学附属北京朝阳医院

设计涂料:小鼠脑组织

拜谱提供数据技术应用:m6A甲基化(MeRIP-seq)

前言图:

图1| 绪论图(图源:Zhaoming Cao, et al., Int J Mol Sci., 2024)

探讨报告单

1.DCI小鼠海马中m6A人类基因表达的改动

理论探究人工第一个建造了高脂生活和认同心里障碍(DCI)的小鼠三维模型。为相对比较相较比较组(n = 3)和DCI组(n = 3)期间的m6ADNA表达,理论探究人工运行MeRIP-seq实施了转录组面积内的m6A-seq分折。在DCI组的10664个商品编号DNA转录物(mRNAs)里还发掘相较比较组的23714个不重复的m6A峰。比起来一下,DCI组现象出23,754个非重复m6A峰。这里面,9344个甲基化DNA在相较比较组和DCI组期间重复(图2)。

图2| 较组和DCl组m6a绘制基因遗传的维恩图

共技术鉴定出1279个差异性甲基化的m6A位点(DMMSs),在这当中60.88%(778/1278)和39.12%(500/1278)的甲基化时候主要正相关大于比对组。概述其地理遍布区图时候感觉m6A峰地理遍布区图在整个的RNA中(图3A),并利用其地理遍布区图的转录范围包括左右五组:5'UTR、3'UTR、转录开始位点范围场面、解除账号口令子场面、开始账号口令子场面和编写代码字段(CDS)。m6A峰的在3'UTR、CDS和解除账号口令子符近正相关聚集(图3B)。要评价指标等等人类DNA上m6A突显的范围,科学研究工作人员建立了有峰参考文献标注的范围,并测试了等等人类DNA上reads的复盖率。在DCI组中,m6A突显区偏重于3'UTR区(图3C)。拥有mRNA内的DMMS都被追踪定位到染料体上评价指标其地理遍布区图情况。其他小鼠染料体的m6A突显谱其他。

图3| 小鼠海马中m6A甲基化图谱的该变

因为验证m6A体现在DCI小鼠中的菌物学的功能,调查人群从两列数中择有DMMS的核氨基酸商品编码染色体遗传确定GO和KEGG探讨(图4A)。在GO探讨中,高甲基化染色体遗传在神经元进程、菌物进程监测、促使生物酶类和杂环无机类无机化合物联系中偏态生物含有。KEGG环路探讨凸显,高甲基化染色体遗传与T神经元多巴胺多巴胺受体手机电磁波环路、小神经元肺腺癌和RIG-I样多巴胺多巴胺受体手机电磁波环路相关(图4B)。针对于低甲基化染色体遗传,GO探讨凸显在神经元进程、分解代谢进程和联系进程中偏态生物含有有机酸环无机类无机化合物、联系杂环无机类无机化合物和促使生物酶类(图4C)。KEGG环路探讨折射出了低甲基化染色体遗传与肥厚性心肌病和Hippo手机电磁波环路的相关联(图4D)。

图4| 的差异甲基化m6A位点的环路聚集

2.m6A MeRIP-Seq和RNA-Seq数据文件的综合介绍

陆陆续续探究工作人员将m6A MeRIP-Seq的资料和原本RNA-Seq的资料去合作深入分析,遇到163个mRNA,m6A峰和mRNA情况正相关变换。41种mRNA的m6A和mRNA情况调整,14种mRNA情况调整。显然,30个dnamRNA表达方法出来调整,m6A情况调整,7八个dnamRNA表达方法出来调整,m6A情况调整(图5A)。后面,引入好几个个PPI无线网络来出现163个dna编码查询的蛋清彼此的连到(图5B)。

如下图一样6一样,GO和KEGG分享氛围四组:(1) m6A上浮,mRNA下跌;(2) m6A上浮,mRNA上浮;(3) m6A下跌,mRNA下跌;(4) 染色体m6A下跌和mRNA上浮。在GO分享中,m6A上浮和mRNA下跌的染色体在細胞分泌率时候中 中 、馨香族有机物生物制品分解时候中 中 和RNA分泌率时候中 中 的调节管控中相关性聚集。KEGG分享彰显,一些染色体在脂肪多神经末梢人体体细胞酸分泌率、小細胞肝癌、丙酸分泌率和甲苯酸分泌率中聚集。对於m6A上浮和mRNA上浮的染色体,GO分享彰显在亚铁组合、亚胺丙氨酸脱羧酶化学活化、天冬氨酸1-脱羧酶化学活化和細胞链接拆装负调节管控中聚集;KEGG分享彰显在2型高血糖、脂肪多神经末梢人体体细胞細胞指数走势的走势通道和胰岛素走势的走势通道中聚集。在GO分享中,m6A下跌和mRNA下跌的染色体在寡肽组合、谷胱甘肽组合和二硫钝化物钝化回归酶化学活化中聚集,而在KEGG分享中,想一想在柠檬百香果酸反复的(TCA反复的)、丙酸分泌率和多外来物种凋亡中聚集。在GO分享中,m6A下跌和mRNA上浮的染色体在胚胎骨膝盖骨体型发生、蛋白质激酶化学活化促活和NADP分泌率时候中 中 中聚集,在KEGG分享中,m6A下跌和mRNA上浮染色体在新霉素、卡那霉素和神经末梢美味指数走势的走势通道中聚集。

图5| m6A甲基化与mRNA呈现的携手深入分析

图6| 163个DEGs和DMMS的GO和KEGG剖析

拜谱生物技术工作小结

本研究表明高脂饮食对葡萄糖代谢的干扰会导致与m6A修饰相关的酶的表达发生变化。这些改变导致与神经退行性疾病相关的基因甲基化模式的改变,特别是在小鼠的海马区。这些发现为高脂肪饮食诱导糖尿病小鼠认知功能障碍的机制提供了新的见解,可能为糖尿病诱导的海马病变提供新的治疗策略。这一过程中拜谱海洋生物提供了m6A甲基化枝术服务性,拜谱微生物可提供完善成熟的球蛋白组学、新陈代谢组学、转录组学及其多个学聯合软件水平的服务,欢迎致电咨询!

参看学术论文:Cao Z, An Y, Lu Y. Altered N6-Methyladenosine Modification Patterns and Transcript Profiles Contributes to Cognitive Dysfunction in High-Fat Induced Diabetic Mice. Int J Mol Sci. 2024. doi: 10.3390/ijms25041990.

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