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新品发布|乳酸化的逆袭兄弟,衣康酸化修饰蛋白组强势来袭!

发布时间:2025-01-20

一直都在当做石油化工材质而被掌握的衣康酸(Itaconate,ITA),与乳酸从“分解废弃物”是“藏宝小分子式”的心路心路历程心路历程相同,一直到近十几种年才被发现了其首要的生物工程学功效,我终“起身农奴把合唱”,独特是在抗体细菌感染性疾患科学研究这个领域内推陈出新。原有篇文献新闻稿件了在各种类型细菌感染性疾患的哺乳动物建模方法中给衣康酸或其催化淡化衍生品物工程的中药治疗益处,高并发现了其意向靶点。有关衣康酸的“上一世”与“此生”,具体情况见推书《乳酸的逆袭女神盟兄弟——衣康酸!这篇和你一起熟悉衣康酸》。

拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸突显血清组学产品,实现1000+玄之又玄度表达位点排除,稳定可靠显现经典的靶点,全坐向生信定量分析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“知道”到“手机验证”全方案服务性,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。

PART 1

01、实验设计工艺流程

02、场地实测数据分析

03、经“点”再次出现

在实际数剧中,排除好几个文献综述中了解的径典靶点简答衣康酸呈现位点,如1、个被发掘的衣康酸共价呈现淀粉酶KEAP1,和糖酵解信号通路中的3个关键因素性酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,或者炎性小体形成淀粉酶NLRP3和组织病变步骤中的关键因素性淀粉酶RIPK3等,其质谱图如表图所显示。

04、货品优点

1.多沉质控

商业圈化特女性朋友探头孵育、SDS-PAGE检查、WB核实、样本量一些性阐述等供需双坐向检查,抓好项目流程结杲可靠性分析性。

2.性能高指标质谱仪器设备网上平台

在Orbitrap Astral全新一批高判定质谱仪火供下,推动衣康过酸修饰语位点及蛋清鉴别新深浅,动力科学合理研究分析新出现。

3.全标准流程一趟式服务性

鉴于拜谱微生物健全完善的进行实验工作平台,可提高“体细胞培植→查测器孵育→WB查测→玄妙度衣康过酸表达查测→专业生信分享→相应位点PRM核验”全步奏精准服务,省时省事更皮实。

05、数据分析游戏内容(这部分)

06、适用位置

PART 2、文献资料安利

专著一

英文怎么说文章标题:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)

2英文标题文字:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析

设计游戏内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。

(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)

期刊论文二

国外英文名称:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)

常常文章标题:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性

探究内部:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。

(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)

PART 3、实例衍生品设想

蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13存在有较强的底物根据实力,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。

S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。

(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)

值得一提的是,在拜谱怪物衣康硝化作用修饰语组亲测数据显示中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康过酸淡化(以下图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。

PART 4、拜谱总结ppt

身为TCA重复中的中间商基础细胞代谢转化物,衣康酸缓解基础细胞代谢转化、免疫系统性系统和真菌感染范围内的主动效用,为疗法免疫系统性系统真菌感染性妇科肠道疾病出具了改用疗法战略。衣康酸机构的中的亲电性α,β-不过剩羧酸机构的能对核核苷酸上的活性酶半胱氨酸残基做出烷基化呈现(迈克尔减伤不良反应),哪一汉语翻译后呈现被叫作“衣康酸呈现(itaconation)”,以致后果核核苷酸实用功能,调整免疫系统性系统回应和基础细胞代谢转化行业,为多样妇科肠道疾病药品研发管理出具新基本思路。

拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康酸性反应修饰语蛋白质组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物中医学完全一定量靶点基础代谢组(QMT1000)或力量细胞产生靶向药物细胞产生组企业产品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!

基准论文资料

1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.
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